Die Kirche ist kunsthistorisch sehr wertvoll. Das Hauptportal ist ein Meisterstück der Renaissancekunst. Schon aus der Ferne bietet der sich stolz in die Höhe reckende, schiefergraue Turm dem Betrachter ein anmutiges Bild.1595 von Stephan von Zobel erbaut, birgt die Kirche in ihrem Inneren viele wertvolle Kunstdenkmäler. Über dem Hauptportal – ein Meisterstück der Renaissancekunst – finden wir eine Kartusche, die den Stifter der Kirche, Stephan Zobel von Giebelstadt, nennt. Der Aufsatz über dem Portal trägt das Doppelwappen der Familie Zobel und  Echter, das letztere deshalb, weil die Gemahlin des Stephan Zobel eine Schwester des berühmten Fürstbischofs Julius Echter von Würzburg war. Weitere Informationen über die Heraldik in der Kirche finden Sie hier: http://www.welt-der-wappen.de/Heraldik/aktuell/galerien4/galerie3003.htm

Im Innern der Kirche ist wohl der Apostelaltar als der älteste und künstlerisch wertvollste anzusehen. Er ist eine Schenkung des Bischofs Echter von Würzburg von 1596. Aus ausländischem Stein gehauen, stellt das Hauptbild, ein Relief, den Auszug der Apostel aus Jerusalem dar. Darüber befindet sich im Halbrund die Heiligste Dreifaltigkeit und unten an der Predella die Verkündigung Mariens. Außerdem sind auf dem Absatz über dem Hauptgesims, das das Echtersche Wappen zeigt, jeweils links und rechts vier kleine Figuren, die Kardinaltugenden dargestellen, angebracht. Die beiderseits angrenzender Säulen sind reich verziert mit den Leidenswerkzeugen Christi. Dieser Apostelaltar, der sich jetzt auf der Epistelseite der Kirche befindet, war ursprünglich der Hauptaltar.

1717 stiftete Johann Franz von Zobel, dem auf der Höhe des linken Querschiffes ein schönes Epitaph errichtet ist, den jetzigen Hauptaltar. Dieser zeigt die Enthauptung Johannes des Täufers, sowie als Nebenfiguren die Heiligen Kilian, Bonifatius, den Kirchenpatron der Gemeinde, Burkhardus, Nikolaus, Franziskus von Assisi und Antonius von Padua. Darüber befindet sich ein Reliefbild vom jüngsten Gericht, umgeben von Figuren, die sechs christliche Tugenden symbolisieren.

Auf der Evangelienseite des Chores befindet sich in der Mauerwand ein reiz- und stilvolles Sakramentshäuschen.

Der Nebenaltar auf der Evangelienseite des Querschiffes ist aus Holz geschnitzt, stammt aus der Mitte des 18. Jahrhunderts und stellt im Hauptbild Mariä Heimsuchung dar.

Die steinerne Kanzel, von Moses getragen und geschmückt mit figürlichen Darstellungen des auferstandenen Heilands, vieler Engel, der Propheten und Evangelisten, ist datiert aus dem Jahre 1718 und stellt sowohl im Aufbau als auch in den Einzelformen ein wirkungsvolles Kunstwerk dar. Sie wird gekrönt von der Symbolischen Taube und dem so genannten Gnadenstuhl.

Neben den zahlreich vorhandenen Kunstschätzen besitzt die Kirche außerdem noch drei schöne Glocken, die vom Nürnberger Glockengießermeister Christoph 1595 gegossen und glücklicherweise vor der Einschmelzung zu Kriegsmaterial im letzten Weltkrieg verschont blieben.

Aus Anlass der 400-Jahr-Feier im Jahre 1995 gestaltete der Bildhauer Brandenburg (Berlin) den Lebensbaum und Ambo neu. Der Hauptaltar wurde verkleinert und alles wirkt nun in einem harmonischen Bild. Absicht des Künstlers war es, den Blick der Gemeinde, von der Enthauptung des Johannes des Täufers wegzubringen, und den Gekreuzigten – Auferstandenen in die Mitte des Geschehens zu stellen.